甘谷古属雍州, 为冀戎繁衍活动之地，周庄王九年(前688), 秦武公伐冀戎, 置冀县，为中国县制之肇始，称“华夏第一县”。冀据渭水河谷，控制秦陇咽喉，为秦“开地千里，遂霸西戎”提供了有利条件。周赧王四十三年（前272）秦昭王灭义渠戎后，置北地、陇西两郡，冀属陇西郡。秦始皇（嬴政）二十六年（前221）统一六国，实行郡县制，分全国为36郡，其中陇西郡辖冀县。
汉沿秦制。元鼎三年（前114年）增设天水郡，冀县由陇西郡改属天水郡（郡治平襄）。永始三年（前14）王莽篡汉，建新朝，废西汉旧制，改天水郡为填戎，仍治平相（改平襄为平相），改冀县为冀治。东汉更始元年（23），隗嚣起兵应汉，拥兵十万，自立为上将军，光武帝建武八年（32）自称西伯，都于冀，占有安定、北地、陇西、天水四郡，并为宁朔王。九年（33）嚣死，子纯立，总兵据冀。十年（34），恢复西汉旧制，废冀治，复为冀县，仍属天水郡。永平十七年（74），改天水郡为汉阳郡。永初五年（111），汉阳杜琦、杜季贡和王信与羌人联合起义，据冀。灵帝建宁元年（168），凉州刺史部治从陇迁冀，当时的凉州，东至长安附近的三辅，西到西域地区，几乎包括了现在的整个大西北。汉末争夺凉州的战争，多围绕冀城进行。中平四年（187），马腾、韩遂起兵，攻克汉阳郡，联合占据冀城，割据凉州。汉献帝建安十七年（212），马腾为曹操所杀，十八年（213），马超反曹攻冀，杀凉州刺史韦康，据冀，自称征西将军，督凉州军事。
三国魏文帝黄初元年（220）分所辖境内为十二州，凉州由冀移治于姑臧（今凉州），甘肃东南部改属雍州，改汉阳郡为天水郡，仍治冀县。蜀建兴六年（228），诸葛亮首次出兵祁山，冀县属蜀。因街亭失守，亮移民入汉中，冀城一空，冀县复属魏。
西晋泰始五年（269），分雍州陇西五郡（陇西、南安、天水、武都、略阳）及凉州金城、梁州阴平共七郡，始置秦州，治冀，冀复为州（秦州）郡（天水）县（冀）治所在地。太康三年（282），废秦州入雍州，七年（286）复立，将秦州、天水郡由冀移治上邽，冀县仍属秦州天水郡。怀帝永嘉元年（307），废冀县。其地建治共995年，城址今已湮没。
东晋十六国兴，冀城仍为军事必争要地。东晋永昌元年（322），前凉取陇西南安郡及冀城，前凉主张茂派韩璞为秦州刺史，镇冀城。太宁元年（323）八月，赵主刘曜率兵围陇城（今甘肃张家川），派将刘咸攻韩璞于冀城。晋咸和二年（327），前凉又派张阆等攻秦州失败，冀亦归前赵。咸和三年（328）冀复入前凉，仍置秦州。太元十一年（386）秋八月，后秦姚硕德在陇上称征西将军，因响应姚苌起兵，聚众于冀，与前秦秦州刺史王统相持。九月王统以秦州降于后秦，后秦以姚硕德为使持节、秦州刺史，镇上邽，都督陇右诸军事，属冀城。太元十四年（389），后秦王姚苌使姚邢奴守冀城。同年，仇池杨定攻克陇、冀，拘姚邢奴，自称秦州牧，领冀城。太元二十一年（396），前秦（394年已亡）苻崇为西秦乞伏乾归所逐，自湟中来冀，求援于杨定，杨定留司马邵疆守冀，自与苻崇联合攻乾归，兵败俱死。西秦乞伏乾归占领苑川（西秦州）、陇西南安（东秦州）及天水冀城。隆安四年（400）八月，西秦降后秦，义熙五年（409）复立。十三年（417），东晋都督刘裕破后秦兵于长安，秦王姚泓投降。因晋将内乱自相残杀，无力西征，是年十月，后秦秦州刺史姚艾向西秦称蕃，冀城复入西秦。
北魏太平真君八年（447），分置天水郡和汉阳郡，以原冀县地置当亭县，属天水郡。北周孝闵元年（557），置秦州总管府，改当亭为冀城县。
隋大业二年（606），废秦州总管府，置天水郡，废黄瓜复冀城县，属天水郡。
唐武德三年（620），改冀城县为伏羌县。是年，以伏羌及渭州永宁置伏州，八年（625），废伏州，县仍属秦州。九年（626），析置盐泉县，治今西二十里铺（古称盐泉铺）。太宗贞观元年（627），设陇右道秦州天水郡中督府，更名夷宾、夷寅，三年（629），又并入伏羌县。肃宗宝应元年（762），吐蕃乘安史之乱，尽取陇右地，伏羌同时被占。宣宗大中三年（849）收复，仍为伏羌县，属秦州天水郡中督都府。四年（850），改秦州隶凤翔军，辖伏羌。
宋初，废伏羌县。太祖建隆三年（962），以废县以南地置大潭县，属秦州。北宋徽宗崇宁三年（1104）以废伏羌以西地永宁寨置永宁县，治今四十里铺。金仍废为永宁寨。建隆三年因吐蕃尚波于进略伏羌，乃以旧城置伏羌寨。天禧三年（1019）置安远寨（今安远镇政府驻地），属秦州，并于熙宁元年（1068）在安远寨以北40里杨家城子地，由秦凤路副都总管杨文广筑筚篥城，阻止西夏入境，称大甘谷口砦（甘谷城）。熙宁三年（1070）改伏羌寨为伏羌城，仍属秦州，领得胜、榆林、大像、芳园、探长、新水、柽林、丙龙、石人、驼项、旧水11堡。熙宁七年（1074）属岷州，治今西和县西南。北宋崇宁三年（1104），废伏羌永宁寨，置永宁县，治今四十里铺。金仍置永宁寨。南宋绍兴后伏羌、甘谷两城均陷于金。高宗绍兴二十六年（金正隆元年，1156），甘谷城升为甘谷县，属秦凤路秦州。金贞祐四年（1216），隶西宁州。元废，入通渭县（1950年秋，其地随安远镇划入今甘谷县）。
元世祖至元十三年（1276），以伏羌城复为伏羌县，属陇西行中书省兴远路巩昌总帅府录事司。
明仍为伏羌县，属陕西省承宣布政司巩昌府。
清初仍沿明制。康熙三年（1664），分陕西省为左右布政司，左布政司驻巩昌府。六年（1667），又改陕西右布政司为巩昌布政司。七年（1668），改甘肃布政司，移治兰州。清并设巩秦道辖巩昌府，驻秦州。伏羌县直属巩昌府。
民国二年（1913），废秦州，改巩秦阶道为陇南道。旋改渭川道辖伏羌等十四县，民国十六年（1927），改渭川道为渭川区行政公署，伏羌县属渭川区。民国十八年（1929）1月1日，国民党内政部改伏羌县为甘谷县。民国二十四年（1935），天水设甘肃第四区行政督察专员公署，辖甘谷县。
中华人民共和国成立后，于1950年5月设天水专区，辖甘谷等县。1958年底撤销甘谷与漳县，并入武山县；1962年元月，甘、武、漳分县，恢复原甘谷县治。1985年7月8日，撤销天水地区，改为地级市，实行市领导县体制，辖2区及甘谷等5县。
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